Vilniaus ZONTA klubą sudaro narės – įvairių profesijų lyderės. Kas dveji metai renkama klubo valdyba. Ją sudaro prezidentė, viceprezidentė, sekretorė, iždininkė ir dar trys narės. Vilniaus ZONTA organizacijos svarbiausias valdymo organas yra visuotinis narių susirinkimas. Kaip ir ZONTA INTERNATIONAL organizacijoje, Vilniaus ZONTOS susirinkimo sprendimai priimami balsų dauguma. Jie laikomi teisėtais, jei susirinkime dalyvauja bent ¼ klubo narių.
Klubo Prezidentė vadovauja visiems klubo susirinkimams, skiria komitetų vadoves ir apskritai yra vykdančioji klubo vadovė.
Vilniaus ZONTA klubo prezidentės:
1994-1996 — gydytoja Ramunė Trakymienė
1996-1998 — medikė mokslininkė dr. Regina Mikėnienė
1998-2000 — verslininkė Nijolė Vagnorienė
2000-2002 — galerininkė Auksė Žukienė
2002-2004 — kalbininkė habil. dr. prof. Evalda Jakaitienė
2004-2006 — teisininkė Teresėlė Kazlauskienė
2006-2008 — ekonomistė Laima Liegutė
2008-2010 — sociologė dr. Ina Dagytė Mituzienė
2010-2012 — gydytoja Lilija Socevičienė
2012-2014 — Vilniaus Rotušės Valdytojo pavaduotoja Laima Nerkevičienė
2014-2016 — teisininkė, Vilniaus miesto Notarė Rasa Birutienė (prezidentės žodis)
2016-2018 — verslininkė Jurgita Beinorienė (prezidentės žodis)
Taigi klubo, kaip ir visos Zonta International, vadovavimas vyksta 2 metų ciklais, vykdant veiklos ir projektų tęstinumą. Tai puiki galimybė organizacijai neužsisklęsti tame pačiame problemų ir sprendimų rate, tai puiki galimybė vietoje nekūrybiškos kritikos kiekvienai parodyti savo ypatingus sugebėjimus, vadovaujant Zontos klubai bei vykdant visuomenei ar jos daliai svarbius sprendimus.
2014 spalio viduryje Vilniuje Vilniaus Zonta klubas šventė 20 metų Jubiliejų- tai ilgas nueitas ir prasmingas kelias, skatinantis naujiems darbams ir iššūkiams.